メリットとしては、金利変動がないため、安心して将来の返済計画を立てることができます。また、通常の住宅ローンで必要となる保証料がなく、保証人も必要ありません。繰上返済手数料も無料です。 なお、住宅金融支援機構（旧住宅金融公庫含む）における技術基準適合住宅でなければ融資の対象となりません。フラット35が利用できる住宅は安心の優良住宅といえるでしょう。

第1種・第2種低層住居専用地域で、軒高が7mを越える建物、または3階建て以上の建物。 その他の用途地域では、建物の高さが10mを超える場合に日影規制がかかります。 冬至日の午前8時から午後4時の間に、用途地域ごとに定めた一定時間以上の日影を周辺に生じさせないよう規制することにより、周囲の日照を確保しようとするものです。 ただし、商業地域、工業地域、工業専用地域では日影規制の適用がありません。